data スキームは相対参照を認めていない。
これは間違っている。data: schemeを持つURIにおいてもFragmen IDは有効であると考えるのが正しい。Mike SmithがJulian Reschkenにも確認してくれたようなので間違いないと思われる。
RFC 3986の3.5. Fragmentには以下のように書かれている。
Fragment identifier semantics are independent of the URI scheme and thus cannot be redefined by scheme specifications.
つまり、スキームが何であろうと、基本的にFragment IDは利用可能でなければならない。
なお、少なくとも現時点では、W3CのHTML5バリデータ（Validator.nu）の動作が必ずしも正しいとは限らないので過信しないようにしていただきたい。何かおかしいと思ったときは、開発者に報告していただけると幸いである。#whatwgか#html-wgあたりで質問すると話が早いかもしれない。今回はたまたま目に入ったのでバグとして処理することができたが、開発者が気がつかないとせっかくテストしていただいた内容が無駄になってしまうかもしれない。