原因は不明だが、特定の環境でnsupdateがクラッシュする現象があるらしい。手元のCentOS5.5 （x86_64）だと、nsupdateでsendなどを行った際にmem.cに起因するエラーでプロセスがクラッシュする。
エラーメッセージは実際には以下の通りである。
mem.c:877: insist(ctx->stats[i].gets == 0u) failed.調べた範囲ではこれといった対応策はないようだ。報告自体があまり上がっていないようなので、特定の環境でしか起こらない問題なのかもしれない。nsupdateはdns-utilsとして提供されているが、再インストールなどでは解決しなかった。
現状では、bindの公式サイトから最新版のソースコードをダウンロードしてきて、自前でコンパイルするのが手っ取り早い解決策となる。コンパイル自体は./configureとmakeだけで済む。